ฮอนด้า สตรีม รุ่นที่ 2 เริ่มผลิตเมื่อปี พ.ศ. 2549 จนถึงพ.ศ. 2557 รุ่นนี้ได้เลิกประกอบที่อินโดนีเซียแล้ว เนื่องจากงานประกอบทำให้ไม่ประสบความสำเร็จ รุ่นนี้ยังคงใช้พื้นฐานจาก Civic เหมือนเดิม ใช้ระบบขับเคลื่อนล้อหน้า และระบบขับเคลื่อนสี่ล้อ มีเครื่องยนต์ 1.8 ลิตรและ 2.0 ลิตร ระบบเกียร์เป็นเกียร์ธรรมดา 5 สปีด เกียร์อัตโนมัติ 5 สปีด และเกียร์อัตโนมัติ CVT